医院污水是多种病原体的聚集地，污水中含有的细菌和病毒也多种多样，且危害性比一般日常生活污水大，需要进行严格的处理，一旦处理不慎会引发较大的公共卫生危机。医院污水处理设备可处理整个医院园区内，包括医疗门诊、病房、手术室、各类检验室、病理解剖、放射室、洗衣房等处排出的诊疗、生活及粪便污水。当办公、食堂、宿舍等排水与上述污水混合排出时亦视为医院污水。